Construit par Joseph Merklin en 1866, l'orgue de l'église Saint-Jean-de-Montierneuf est l'un des témoins de l'activité exercée par le facteur lyonnais dans le Poitou. Constructeur prolifique, Merklin a travaillé à plusieurs reprises dans la région, notamment à la cathédrale de La Rochelle ainsi qu'à la cathédrale de Poitiers. Dans cette dernière, il installe en 1871 une nouvelle soufflerie et une nouveau pédalier.
Elément important, l'ensemble de l'instrument de Montierneuf nous est parvenu dans son intégrité originelle. Seuls la soufflerie électrique (1934) et le pédalier modernisé (1941) sont venus compléter la disposition d'origine. L'ensemble de la facture est de très belle qualité et illustre à merveille la maîtrise du facteur au faîte de sa carrière.
La composition donne un équilibre sonore parfaitement abouti qui sert au mieux le répertoire romantique. Certes de taille réduite, l'orgue de Saint-Jean-de-Montierneuf n'en est pas moins un très bel exemplaire de la facture de Merklin.
En 1986, l'orgue est classé monument historique. Restauré par Jean-Loup Boisseau, il est désormais entretenu par Jean-Pascal Villard.