Les recherches approfondies faites par Jean-Albert Villard de 1949 à 2000 permettent de penser qu’en 1363 existait déjà un orgue à la Cathédrale, très probablement sur l'ancien jubé.
Des orgues au destin tragique
Vers 1460, Pierre de Montfort, religieux bénédictin, avait construit un orgue proposé comme modèle pour les cathédrales de Besançon et de Chartres. Lors du sac de Poitiers, les 27 et 28 mai 1562, la cathédrale fut le théâtre de pillages et l’orgue détruit. Le procès verbal du 1er octobre 1562 fait état de cette démolition.
Ce constat décrit l’instrument d’alors comme « un grand enchâssement de bois tout peint et figuré et consistait en trois gros tuyaux de chaque côté et quatre au milieu, et d’autres, jusqu’au nombre de trois mille, de la hauteur de 38 pieds ou environ, et de largeur de cinq pieds et demi… avec un positif pour le derrière d’icelle auquel il y avait huit jeux avec la montre de devant richement peinte… »
Les orgues furent remises en état pour la somme de 1500 livres.
Peu de temps après un projet avorté avec Guillaume Pelletier, un autre moine, le chapitre fit construire un orgue par Crespin Carlier. Il fut réceptionné en mai 1613 par Jean Titelouze, organiste de Notre-Dame de Rouen, et Florent Bienvenu, organiste de la Sainte-Chapelle de Paris. Cet orgue passa pour l’un des plus beaux du royaume. Il connut hélas un destin tragique dans la nuit du 25 au 26 décembre 1681 : un brasero mal éteint servant aux organistes et souffleurs provoqua un incendie qui le détruisit intégralement.
La cathédrale restera ainsi sans instrument pendant près d'un siècle...